Số lượng thành viên của NICAP đã giảm mạnh vào cuối những năm 1960 và Keyhoe bị các nhà phê bình trong NICAP đổ lỗi vì sự suy giảm của tổ chức. Một số thành viên NICAP tố cáo ông không đủ năng lực để xử lý vấn đề tài chính và nhân sự của NICAP và quá độc đoán trong phong cách lãnh đạo của mình. Đến tháng 7 năm 1969, NICAP đã phải đối mặt với phá sản và Keyhoe buộc phải sa thải năm trong số chín nhân viên của NICAP.[14] Ngoài ra, The UFO Investigator, bản tin của tổ chức, được Keyhoe biên tập và xuất bản, dần dần chuyển từ việc được giao hàng tháng đáng tin cậy vào giữa những năm sáu mươi sang lịch giao hàng ngày càng thất thường và không đáng tin cậy, khiến nhiều người đặt mua dài hạn NICAP tức giận. Năm 1969, Keyhoe chuyển sự tập trung của mình ra khỏi quân đội và tập trung vào CIA như là nguồn gốc của sự che đậy UFO. Tuy nhiên, Ban Quản trị của NICAP, do Đại tá Joseph Bryan III đứng đầu, đã điều tra tình hình tài chính của NICAP và thấy rằng thuế An sinh Xã hội lại đi khấu trừ từ tiền lương của nhân viên, nhưng không báo cáo cho chính phủ biết và một số thành viên của NICAP không trả tiền thuế hàng năm trong nhiều năm liền, nhưng vẫn nhận được các bản sao của tờ The UFO Investigator và được hưởng đầy đủ quyền lợi thành viên NICAP.[15] Vào tháng 12 năm 1969, trong cái gọi là "cuộc họp giông bão", hội đồng quản trị đã buộc Keyhoe phải nghỉ hưu với tư cách là giám đốc của NICAP.[16] Đại tá Bryan trở thành giám đốc mới của NICAP. Dưới sự lãnh đạo của Bryan, NICAP đã giải tán các nhóm liên kết địa phương và tiểu bang, và hoàn toàn giải thể vào năm 1973.[17]

Năm 1973, Keyhoe đã viết cuốn sách cuối cùng của mình về UFO nhan đề Aliens from Space. Nó đã thúc đẩy "Chiến dịch Lure", một kế hoạch lôi kéo người ngoài hành tinh đến Trái đất và mô tả các vấn đề mà Keyhoe đã nhận được thông tin từ các đặc vụ chính phủ.[18]

Ngoài cuốn sách này, Keyhoe có rất ít liên hệ với UFO học từ khi về hưu. Tuy nhiên, ông đã phát biểu tại một số hội nghị về UFO sau khi bị đuổi khỏi NICAP. Năm 1981, ông gia nhập hội đồng quản trị của MUFON, nhưng về cơ bản, tư cách thành viên của ông chỉ đúng về mặt danh nghĩa vì sức khỏe giảm sút và ông không liên quan gì đến tổ chức này. Donald Keyhoe mất năm 1988 ở tuổi 91, và được chôn cất tại Nghĩa trang Green Hill ở Luray, Virginia.

Một số sách của Keyhoe hiện thuộc phạm vi công cộng và có sẵn bản trực tuyến.